Outre le transport aérien, l'Aéroport de Clermont-Ferrand Auvergne dispose également d'une activité aéronautique initiée par l'implantation de l'AIA (Atelier Industriel de l'Aéronautique de Clermont-Ferrand) en juin 1939 qui assure la maintenance des avions militaires, d'Auvergne Aéronautique (en 1988), spécialisée dans la chaudronnerie, et de Regional Maintenance (en novembre 2002) qui assure l'entretien de la flotte Embraer de la compagnie.